多工作臺加工中心有時稱為柔性加工單元（FMC）。它有兩個以上可更換的工作臺，通過運送軌道可把加工完的工件連同工作臺（托盤）一起移出加工部位，然后把裝有待加工工件的工作臺（托盤）送到加工部位，這種可交換的工作臺可設置多個，實現多工作臺加工。其優點是可實現在線裝夾，即在進行加工的同時，下邊的工作臺進行裝、卸工件，另外可在其它工作臺上都裝上待加工的工件，開動機床后，能完成對這一批工件的自動加工，工作臺上的工件可以是相同的，也可以是不同的。這都可由程序進行處理。多工作臺加工中心有立式的，也有臥式的。無論立式還是臥式，其結構都較復雜，刀庫容量較大，機床占地面積大，控制系統功能較全。計算速度快，內存容量大。采用的都是最先進的CNC系統，所以價格昂貴。

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